U okviru ovog odeljenja obavlja se dijagnostika i lečenje bolesti digestivnog sistema: želuca, jednjaka, creva, jetre, pankreasa i drugih oboljenja.
Tokom 2015. godine urađeno je preko 5000 gornjih endoskopija, kao i više od 5000 donjih endoskopskih pregleda i terapijskih procedura (kolonoskopije, polipektomije i mukozektomije polipa želuca i debelog creva, argon plazma koagulacije, biopsije, balon dilatacije i dr). Takođe postoji dvadesetčetveročasovna endoskopska pripravnost u smislu interventnih endoskopskih procedura (zbrinjavanje krvarenja iz gornjih i donjih partija digestivnog trakta). Posle Kliničkog centra Srbije naša služba endoskopije je najveća endoskopska dijagnostička jedinica u zemlji.
Takođe, obavlja se i veliki broj drugih metoda i intervencija, kao što su: endoskopska linearna ultrasonografija sa biopsijama promena u zidu digestivne cevi i drugim organima (biopsija tumora pankreasa i medijastinuma, bubrega, nadbubrežne žlezde i limfnih čvorova uz mogućnost obavljanja celijakolize), ultrasonografski pregledi abdomena, biopsije jetre (slepe i ciljane), merenje protoka krvi kroz krvne sudove trbuha (Dopler portnog sistema), endoskopska retrogradna holangiopankreatografija (ERCP), abdominalne punkcije, PH-metrija, klasična manometrija i manometrija visoke rezolucije kao i endorektalni ultrazvuk.
U okviru ovog odeljenja prate se i leče pacijenti oboleli od inflamatornih bolesti creva, (Kronove bolesti i ulceroznog kolitisa), celijakije i dr.