Служба за фармацеутску здравствену делатност обавља фармацеутску здравствену делатност у складу са Законом о здравственој делатности, законом којим се уређује област лекова и медицинских средстава, законом којим се уређује здравствено осигурање, као и у складу са Добром апотекарском праксом, а све у циљу одговорног снабдевања лековима и медицинским средставима, обезбеђивања рационалне фармакотерапије ради лечења, побољшања и одржавања квалитета живота пацијената, као и континуираног процеса побољшавања употребе лекова и медицинских средстава, односно праћења нежељених реакција на лекове и медицинска средства.
Болничка апотека КБЦ „Бежанијска коса“ је апотека затвореног типа. Набавка, складиштење и издавање се врши за потребе одељења клиника ове здравствене установе. Болничка апотека је једино место где се врши набавка лекова и осталог медицинског материјала за потребе пацијената ове установе. Осим лекова и потрошног санитетског материјала, апотека набавља и издаје инфузионе растворе, остеосинтетски материјал, материјал за интервентну кардиологију и интервентну радиологију, хируршки и шиваћи материјал и прибор, материјал за васкуларну хирургију, рендген-филмове и контрасте, инструменте за лапароскопске операције, стаплере, као и широку палету апотекарских хемикалија, хемијских и дезинфекционих средстава. Осим наведеног, апотека се бави и производњом магистралних лекова.
У болничкој апотеци су стално запослена два фармацеута, четири фармацеутска техничара и референт за књижење лекова.
Апотека је уједно информациона јединица КБЦ-а у којој се у свако доба може добити обавештење о леку, његовом дејству, интеракцији, инкомпатибилији и сл. Такође, запослени у болничкој апотеци учествују у јавним набавкама за потребе здравствене установе готових лекова, медицинског потрошног и санитетског материјала, дезинфекционих средстава, сировина и амбалаже потребне за израду магистралних лекова. Запослени у болничкој апотеци обављају целокупно административно, финансијско-материјално пословање Службе, достављају месечне, кварталне и годишње извештаје о утрошку лекова, медицинског потрошног, санитетског и уградног материјала управи здравствене установе, Републичком фонду за здравствено осигурање, Институту за јавно здравље и Министарству здравља.
Ради одржавања потребног стручног нивоа знања, запослени у апотеци учествују у програмима континуиране едукације, који су предуслов за праћење иновација о лековима и фармакотерапији. Такође, фармацеути и фармацеутски техничари учествују у едукацији свршених студената фармације, као и фармацеутских техничара у оквиру обављања обавезног приправничког стажа.